根据湖北省审计厅关于新型农村合作医疗基金审计工作的统一部署，汉南区审计局及时成立审计小组，在开展审前调查的同时，制订和完善审计方案，通过审计，揭露和查处全区新农合基金筹集、管理、支出各环节中存在的违纪违规问题，促进新农合基金的公开化、制度化、规范化管理，推动新农合制度的完善和健康运行，搞好服务社会主义新农村建设。
　　一是认真搞好审前调查工作。二是制订切实可行的审计实施方案。三是在新农合方案要求的基础上，制订较完善的农户问卷调查表，除了满意度、报销比例等调查外，还设计文字叙说栏，反映新农合运行过程中存在的问题、对新农合工作的意见以及促进全区新农合工作健康有序发展的建议等，真正做到“农民得实惠、医院获发展、政府得民心”的态势得以充分体现。四是将项目信息宣传贯穿项目审计全过程。五是利用新农合基金相关的财务和业务数据，搞好计算机审计，不断提高审计效率。审计调查反映汉南区新农合机构提供的财务和业务数据较完整，为项目AO系统审计提供了良好条件，该局配备了计算机审计专业知识较强的审计人员参加审计，将计算机审计与传统手工审计相结合，从而提高审计效率。